8 critères pour choisir le logiciel de facturation de votre entreprise

13 octobre 2025
Frantz Bouhallier
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Un chef d’entreprise, dirigeant de TPE, PME ou auto-entrepreneur doit valoriser le savoir -faire de sa structure et de ses salariés. Mais, en plus des activités « métier », une entreprise est obligée de respecter certaines tâches et procédures administratives. Parmi celles-ci, la facturation présente un intérêt particulier.
En effet, une exécution efficace des procédures de facturation a un impact directe sur les résultats financiers. De plus, la facturation est la cible du décret du 16 mai 2023 pour l’amélioration des déclarations professionnelles.
Ainsi, choisir le logiciel de facturation le mieux adapté à son activité et à son entreprise, permet une meilleure performance, tout en se conformant à la règlementation.

Voilà, le sujet est lancé, vous ne pouvez plus utiliser Excel, et devez sélectionner une solutions agrée sur le marché. Mais, comment faire le bon choix sans se tromper, parmi les nombreux acteurs ?

Voici 8 critères à examiner pour évaluer l’outil qui deviendra votre partenaire de confiance et vous fera gagner un temps précieux.

1. La conformité légale

Avant toute chose, un logiciel de facturation doit vous aider à rester en règle. C’est non négociable. Il doit vous guider pour inclure toutes les mentions obligatoires sur vos factures :

Identité de votre entreprise
numéros SIRET et TVA
numéro de facture
date
identité et adresse du client et du vendeur
taux de TVA applicable

Un oubli et vous vous exposez à des rejets de déductions de TVA ou à des amendes. Choisissez un outil qui intègre les dernières évolutions légales, comme la loi antifraude à la TVA qui impose une certaine traçabilité des factures.

2. La simplicité d’utilisation

Vous n’avez pas de temps à perdre avec un logiciel complexe qui nécessite des semaines de formation. L’ergonomie est reine. L’interface doit être claire, la navigation fluide et la création d’un devis ou d’une facture ne doit pas prendre plus de quelques clics.

Cet argument est vrai pour une petite entreprise de 10 salariés mais aussi pour une PME plus grande

Un bon test ? La version d’essai gratuit. Utilisez-la pour créer une facture de A à Z. Si vous y parvenez sans lire le mode d’emploi, c’est bon signe.
Choisir un logiciel de facturation intuitif pour votre entreprise, permet à vos collaborateurs de l’adopter plus rapidement, ce qui garantit son efficacité.

3. La personnalisation

Vos devis et factures sont l’image de votre marque. Ils doivent pouvoir être personnalisables avec votre logo, vos couleurs et éventuellement un message. Cette personnalisation renforce votre identité et votre professionnalisme aux yeux de vos clients.

Assurez-vous que le logiciel propose des modèles de factures modernes et adaptables, et qu’il vous permette de modifier facilement les textes pour les acomptes, les remises ou les conditions de paiement.

Pour vous aider à identifier le logiciel le plus adapté à votre activité ou votre entreprise, vous pouvez consulter cet article qui répertorie les 15 meilleurs logiciels de facturation cette année.

4. La gestion des clients et le suivi des paiements

Votre logiciel de facturation ne doit pas être un simple générateur de PDF.

C’est le cœur de votre gestion commerciale.

Il doit vous permettre de créer des fiches clients détaillées et de gérer l’historique de vos relations : devis, factures, règlements, relances.

Le suivi des règlements est crucial pour votre trésorerie. L’outil doit vous offrir une vision claire des factures en retard, avec des tableaux de bord pour visualiser d’un seul coup d’œil les impayés et le chiffre d’affaires en attente de paiement.

5. L’automatisation

C’est là que vous allez gagner un temps considérable. Rechercher les tâches que vous faites manuellement et répétitivement. Un bon logiciel permet d’automatiser la numérotation des factures, l’envoi des factures par email, la génération de rappels de paiement (relances) ou même la création de factures récurrentes pour vos abonnements.

Cette automatisation vous libère l’esprit pour vous concentrer sur votre cœur de métier.

6. L’intégration avec la comptabilité

La frontière entre logiciel de facturation électronique et logiciel de comptabilité est souvent poreuse, et c’est une bonne chose.

Évitez la double saisie !

Un gain de temps énorme réside dans la capacité de votre outil à exporter vos écritures comptables vers votre logiciel de comptabilité ou vers votre expert-comptable.

Vérifiez la compatibilité et la simplicité de l’export, souvent au format standardisé. C’est un critère de productivité majeur.

7. La sécurité et l’archivage de vos données

Vos données financières sont confidentielles et vitales. Renseignez-vous sur les mesures de sécurité mises en place par l’éditeur :

sauvegardes automatiques,
chiffrement des données,
hébergement sécurisé.

Vérifiez également que le logiciel facilite l’archivage de vos documents conformément à la durée légale de conservation des factures.

L’article L. 123-22 du Code de commerce, impose une conservation des documents commerciaux pendant 10 ans.

8. Le rapport qualité-prix et l’évolutivité

Enfin, le prix.

Méfiez-vous des solutions trop bon marché qui pourraient cacher des fonctionnalités limitées. Comparez les formules :

Existe-t-il une version gratuite pour les très petites activités ?
Les forfaits sont-ils illimités ou basés sur le nombre de factures ?

Surtout, pensez à l’avenir. Le logiciel choisi doit pouvoir grandir avec vous.

Est-il adapté si vous triplez votre volume d’activité ?
Permet-il d’ajouter des utilisateurs ?
Peut-il s’interfacer avec un CRM ou un ERP plus complet plus tard ?

Choisir le logiciel de facturation de votre entreprise, c’est choisir un partenaire pour les années à venir.

Une fois que votre facturation et votre comptabilité seront sous contrôle, une nouvelle question émergera naturellement : comment mieux organiser et développer votre relation avec chacun de vos clients ? Si la question de l’outil CRM (Customer Relationship Management) vous intéresse, vous pouvez poursuivre votre lecture vers notre article.